Сейчас использую Eclipse (Version: 2018-12 (4.10.0)) + Pydev.

В дереве объекта вижу только члены и методы непосредственно описанные в данном объекте. А хочется видеть всё, чтобы не надо было лазить по другим файлам, в которых описаны его базовые классы.

Может есть какая- то настройка или надо менять IDE?

Лысый дядька, все- таки то что вы показали- это НЕ дерево объектов, расположенное рядом с кодом (которое можно использовать как справку), а отдельная диаграмма.

Почему использую Eclipse? Потому что есть большое число плагинов, в том числе GUI- "мордочка" DBeaver для просмотра Maria DB базы данных, в которую льет данные код Python. Получается все в одном месте: запустил обработку, следом посмотрел результат.