theinput = document.getElementById(theinput);  
  var idx = thelist.selectedIndex;
  var content = thelist.options[idx].innerHTML;
  theinput.value = content;
	
  theclear=document.getElementById(theclear); 
  theclear.innerHTML = '';

  var elem=document.createElement("option");  
  elem.innerText="Выберите сотрудника";
  theclear.appendChild(elem);
  theclear.firstChild.nodeValue="Выберите сотрудника";

 while($row = sqlsrv_fetch_array($res))
{
		echo "elem=document.createElement('option'); ";
		echo "elem.innerText=".$res['naim']."; ";
		echo "theclear.appendChild(elem);";
}

 while($row = sqlsrv_fetch_array($res))
{
    echo "elem=document.createElement('option'); ";
/*    echo "elem.innerText=".$row['naim']." ";*/
    echo "theclear.appendChild(elem);";
}

	    
 <select name="thelistDepart"  onChange="comboDepart(this, 'varDepart','comboListFIO')">  
		<option  selected value="Должность"> Должность </option>
		<?php
/*  здесь происходит заполнение списка из таблицы */
                  ?>

function comboDepart(thelist, theinput, theclear)
{
  theinput = document.getElementById(theinput);  

  theclear=document.getElementById(theclear); 
  theclear.innerHTML = '';
  <!--   очистили-->	

  var elem=document.createElement("option");  
  elem.innerText="ФИО";
  theclear.appendChild(elem);
  theclear.firstChild.nodeValue="ФИО";
  <!--   поставили значение по умолчанию -->		

  <?php
	 <!--   и заполняем заново-->	
	if ($res = sqlsrv_query($conn,$tsql,$params)) 
	{   } 
	else
	{ 
	 	echo "Statement could not be prepared.\n";
      		die( print_r( sqlsrv_errors(), true));
	}
	while($row = sqlsrv_fetch_array($res))
	{
		echo "elem=document.createElement('option'); ";
		echo "elem.innerText=".$res['naim']."; ";  /*  вот на эту строку ругается, некорректные кавычки */
		echo "theclear.appendChild(elem);";
	}
	sqlsrv_free_stmt( $res);
	sqlsrv_close( $conn);
   ?>
  
}