eualexey2. в 2011 году поставили на низ скрипты. и с тех пор НИЧЕГО не менялиОбновления безопасности системы и прикладного ПО устанавливаются систематически или сервер пятый год без присмотру?
eualexeyВ чем может быть причина где искать?Есть смысл начать с логов, как обычно.

eualexey,

Смотреть системные логи, логи вебсервера, наблюдать за процессами. Возможно, долго. Что искать - затрудняюсь подсказать. Что-то нетипичное, вероятно.

В такой ситуации, когда "оно само" то появляется, то пропадает, сложно что-то предположить. По тексту сообщения об ошибке вообще ничего не понятно. Даже, не ясно, кто конкретно (какой процесс, модуль и т.п.) сформировал это сообщение. Если это сообщение формирует программный код скриптов, то есть смысл разузнать у разработчика, в какой ситуации оно может возникнуть.

Что в принципе может меняться туда-сюда динамически без вмешательства админа или программиста на сервере? Загрузка процессора, память, дисковое пространство. Могут ли эти факторы привести к такой ошибке? Сомневаюсь.

А что может привести? Ну, например, не слишком удачное обновление какого-то модуля или программного кода. Не обновляли, говорите.
Что ещё. Ну, например, если скрипт обращается с запросом к стороннему ресурсу и ожидает получить от него какие-то данные. Вместо ожидаемых данных в каком-то определённом формате и кодировке, скрипт получает что-то не то и не вполне адекватно обрабатывает такую ситуацию. Такой вариант вполне можно допустить.

Про обновления безопасности спросил не просто так. За пять лет всякого рода дыр найдено немало. Ну, где-то раз в год или около того находится какая-нибудь серьёзная уязвимость, использование которой может привести к большим проблемам. Куда смотрит администратор сервера (впски) - не понятно. В этом контексте имеет смысл проверить, не завелись ли на сервере какие-то руткиты, посторонние файлы, не были ли несанкционировано изменены (по содержимому, а не по дате изменения файла!!!) скрипты, которые пять лет назад залили.