Обычно сервер запускается как демон или служба. Для отладки можно, конечно, из консоли запустить.

Ну какими... Зависит от того, как сервер сделан. Если это скомпилированный исполняемый файл - то выполнить его. Если это скрипт какой-то, то там два способа запуска обычно присутствуют - можно сделать как исполняемый файл и указать в ша-банге интерпретатор, а можно вызвать интерпретатор и предать ему имя скрипта как параметр. Остановка в простейшем случае часто делается простым убиением процесса. При отладочном запуске из консоли - банальным Ctrl+C. Сообщения от скрипта можно получать через stdout, stderr и через другие потоки. Ссылку не дам, лень искать. Почитайте про основы запуска программ в операционных системах. Это, всё же, базовые вещи.

Areostarсоветовали просто зачислить скрипт(бесконечный цикл написать)

Что-то мне подсказывает что это не есть гуд?А как ещё Вы можете на PHP периодически опрашивать сокет на наличие новых данных?