Alex721Мне кажется, нужно было делать структуру, типа такой:
Один глобальный файл
Index.php?firm=&user=&project=&message=&task=&page=
Т.е. из url выбираем переменные и от их комбинации будут складываться разные категории и запросыДумаю, в принципе так. Только лишние параметры указывать и принимать из входных данных не нужно.
Например, для просмотра задачи указываем /index.php?m=tasks&task_id=12345 - здесь указан модуль (параметр m), а при отсутствии указания экшн (параметр a) будет подключен index.php соответствующего модуля с реализацией функционала просмотра указанной задачи. Впрочем, можно пойти по более сложному пути, если отказаться от индексного файла внутри модуля, а дефолтовый экшн модуля определять где-то в настройках каждого конкретного, конечно, если такое изменение на ходу вообще может понадобиться.
Однако, установку дефолтовой страницы CRM вполне можно отдать на откуп пользователю - кому-то удобнее в первую очередь без лишних кликов видеть календарь на месяц, кому-то список задач на сегодня, кому-то список активных проектов на неделе.

Вернёмся в наш модуль. Для вызова страницы редактирования задачи /index.php?m=tasks&a=task_edit&task_id=12345 - тут подключается файл /modules/tasks/task_edit.php

Для сохранения правок /index.php?m=tasks&a=task_edit_save - тут айди кажется логичным передать в POST-данных вместе с остальными параметрами задачи.

А фирма и проект в данных случаях легко вычисляются по имеющимся связям и в передаче через URL не нуждаются в принципе.

Alex721Модули будут отдельными users.php projects.php tasks.php...
А с помощью url будут передаваться атрибуты.
Например:
Все проекты этой фирмы
Projects.php?firm=123Вы хотите обращаться к файлам модуля напрямую? Не знаю, будет ли это хорошим решением. В каждом файле надо будет инклюдить некий общий init.php, в котором, в свою очередь, будут вызываться всякие инициализации, подключение к БД, установление личности пользователя, проверка его привилегий и ещё туева хуча всякого, что никак не зависит от конкретного модуля. В конце файла, вероятно, надо будет делать какой-то аналогичный инклюд. Да и единая точка входа теряется. Или планируете сделать какой-то url-rewrite с перенаправлением всех обращений к корневому index.php? Оба варианта мне кажутся излишним усложнением.

На мой взгляд, не следует сваливать все файлы в одну кучу. Во всяком случае, есть смысл объединять файлы каждого отдельного модуля в свою директорию.

Alex721а без header есть ли возможность сбросить содержимое $_POST?Вряд ли что-то есть универсальное. Это ж браузер нынче так устроен, что помнит отправляемые данные. По редиректу делается принудительный переход, ясное дело, без POST-данных.
Другой момент есть ещё. Сам по себе редирект - не панацея. Точнее, браузер после отправки формы помнит отправляемые данные до тех пор, пока не пришел ему заголовок с редиректом. А значит, в этот промежуток времени можно отправить форму ещё раз. От этого тоже есть защита. В код формы добавляется скрытое поле, уникальное значение которого записано где-то в БД. На стороне сервера по получению данных значение поля проверяется по БД и, если таковое имеется, то запись из базы удаляется, а данные идут дальше. Если в базе не найдено контрольное значение - значит, это либо левые данные, либо повторные.