pahhanскрипт который читает файлы из папкиЧитает непосредственно файлы или читает имена файлов?

А много ли файлов всего? Какова структура размещения файлов?

В общем случае такую задачу в три этапа решать удобнее.
1. Формирование списка существующих файлов в таблице БД (напрямую или с промежуточной записью в отдельный файл).
2. Выполнение проверок и формирование списка файлов на удаление. Если используется БД, то просто устанавливается соответствующее значение переключателя "не проверен - оставить - на удаление - удалено".
3. Удаление файлов. Либо с установкой переключателя по результату удаления, либо с удалением из таблицы обработанной записи.

pahhanпроблема в том что скрипт выбрасывает по таймаутуКак запускаете скрипт, что за таймаут?

Как вариант, можно отказаться от "только PHP".
Вместо вспомогательной таблицы БД можно использовать файлы для хранения исходного списка файлов и списка на удаление.
Тогда этапы 1 и 3 решаются очень просто на bash. Этап 2 проще сделать на perl или php, хотя, с некоторыми тормозами можно и на bash.