1. Как я понимаю, os.system() запускает системный "шелл", скармливая ему переданную строку. Например, системой может быть linux, а системным шеллом может быть zsh. Благодаря запуску шелла, распознаётся ">>" и создаётся файл. Верно?

2. Захотелось запустить процесс с параметрами, получив обратно в питон выведенные процессом в консоль строки. Способы перехватить вывод консольного приложения в питоне освящены тут, например: http://stackoverflow.com/questions/4760215/running-shell-command-from-python-and-capturing-the-output

При этом не запускается никакой шелл, а используется "прямой" запуск приложения с передачей массива аргументов. Соответственно, никакой там ">>" работать уже не будет.

Можно написать универсальную функцию, которая делает split() над строкой "command --param 2", и передаёт получившийся список куда-нибудь сюда . Но тогда при желании завернуть, скажем, многомегабайтный вывод программы в файл, придётся реализовывать какую-то свою записывалку в файл на уровне питона. Как её сделать так, чтобы запись шла СРАЗУ в файл (мелкими кусочками, типа по 1 МБ), а не по схеме "дождался всех строк, открыл файл, записал, закрыл"?