На случай косяков с вебсервером первый способ надежнее.
Или имелось в виду что-то другое?

it-nowaоднако практически все CMS и др. крупные проекты используют .htaccessЭтот способ более прост и универсален. До тех пор, пока используется вебсервер Apache, конечно ;-)

it-nowaчем проще?Тем что .htaccess уже лежит в дистрибутиве CMS и его установка сводится обычно к банальному копированию этого файла наряду с остальными. В данном случае мы же о
it-nowaпрактически все CMSговорим, не так ли?

Ну и.... что ставим в приоритет - простоту или надежность? Или универсальность?

Вроде нашли уже некоторые плюсы и минусы.
Ну, продолжим. Предположим, как частный случай. Новый проект ставится не в документрут сайта, а в какую-то вложенную директорию. Ну, форум или магазин, к примеру. А теперь сюрприз - владелец ресурса, жуткий параноик, предоставил Вам доступ только на эту самую директорию. Или хостинг какой-то... несколько странный - без родительской директории в принципе. А, ну и вдобавок, в качестве вебсервера используется nginx (апача на машине нет в принципе). И... ни первый способ, ни второй не работают. Ясен пень, такая ситуация не каждый день появляется, но появляется всегда неожиданно :-)