Я так понимаю, что ShSerge имел ввиду то, что БРАУЗЕР не отображает таблицу до тех пор, пока не примет ее полностью и не произведет расчет всех ее ячеек. Хотя может нынче браузеры строки таблиц, в которых нет rowspan отображают построчно, а при поступлении новых строк перерисовывают всю таблицу вместе с предыдущими. Никогда не заморачивался таким вопросом...

Kwintaчто необходим в php.ini или апаче проделать?
1. Проделать для чего? Ты описал, что в одном случае так, а в другом - так. Но чего ты хочешь - не сказал.

2. В php ты делаешь flush(). Но вообще-то после этого, твои несколько десятков новых символов могут попасть в кеш компрессора, если передача по http/1.1, да и без сжатия контент по-дефолту может передаваться блоками, например, по 4 Кб. А потом в пути проходит через десятки узлов, которые тоже могут изменить незначительно задержки между пакетами и пригнать их все в один момент.

Так что, в общем случае, на приведенном тобой "скудном" примере эксперименты ставить затруднительно и "проблема" может быть как в твоей власти, так и не в твоей. Нужно хотя бы объем выводимого текста значительно увеличить и задержки секунд по 5, чтобы адекватно проанализировать разницу (но в таком случае, может обнаружиться, что ее и нет).

Ну а для начала хотелось бы узнать, в чем собственно проблема и чего ты хочешь?
Если хочешь при длительной работе скрипта выводить промежуточные результаты, то как-минимум убери таблицу из верстки и выводи просто div-ы или же вовсе открой <pre> и пихай в него строчки типа "текст<br />".

1. На локальном хосте у тебя проц сколько ядер?
2. Без table пробовал то же самое?
3. Локальный хост - это что? IIS, Денвер, иои что еще?