Делаешь в корне папку
/skin/
все скины будут лежать там, делаешь скин по умолчанию
/skin/default/
затем в конфиге прописываешь константу:
define('SKIN_NAME','default');

затем после создания нового скина, причем все имена файлов шаблонов должны быть одинаковы и переменные шаблона в них тоже, создаешь директорию
/skin/my_new_skin/

далее, когда надо будет использовать новый скин
меняем
define('SKIN_NAME','my_new_skin');

и уже при получении файла шаблона для template engine берем так:

ScareCrowменять css'ку в зывисимости от...
а насчет верстки на css еще есть хороший проект
http://www.csszengarden.com/

стоит покопаться в исходниках страницы и файле стилей...

vivфайл с css я хочу сделать таким образом, будет страница в админе владельца, где он сможет выбирать шрифты и цвет текста, далее данные заносятся в шаблон css и сохраняются в папке конфигурации для данного сайта или лучше сделать скрипт который будет заточен под данный файл css , способный редактировать его (???)

примерно это все будет выглядеть так
есть папка ядра (движка) сайта
там находятся папки с скриптами основных функций
папка с скинами и папка с скриптами обработки и формирования самих страниц (все это сделано в виде функций)

при создании сайта по аблонам создаем папку этого сайта и вставляем туда основные скрипты которые работают с функциями из движка, в этой папке формируем css и файл конфига. Хотя может лучше инфу касающиюся конфигурации лучше хранить в БД????? Так же в этой папке будут сохранятся картинки закачиваемые владельцом.

ты собрался каждые пять минут отлаживать дизайн?
менять скины?
динамика - это гут, но все должно быть в меру...
стили надо хранить именно в файле стилей и никак иначе.
все равно ты у себя в админке не сделаешь хороший редактор стилей он-лайн