3 года с ПХП работаю поэтому опишу лишь недостатки:
- нет одного общего интерфейса для работы с БД
С перловым DBI проще работать если пишешь сайты под разные БД
Хотя я решил это использованием PHP-шного класса adodb
- нет потоков (Threads)
- нет общего стандарта в названии функций - хотя это и не страншно, но неудобно вспоминать имена функций (str_replace(), strpad());
- на хватает перл-овой функции select() либо IO::Select, хотя в 5-ой версии вроде Curl сможет что-то похожее творить
- работа с XML/XSLT все еще Experimental
- pear все еще скудноват, хотя и развивается


Но все равно PHP не брошу, потому что он хороший :)