Php работает отлично и в cgi-виде и виде модуля Apache.
Равно что под *nix, что под win.
Дистрибутив для использования в виде модуля или cgi - один и тот же (естественно для разных ОС - свой).
В каком режиме он будет работать - зависит от его настройки при инсталляции.

При выполнении продолжительных процессов скриптами можно (нужно) воспользоваться set_time_limit(0) если уверены что скрипт работает действительно правильно.
php.net/manual/en/function.set-time-limit.php

Если требуется просто произвести какие то преобразования в БД при помощи php, и использование браузера не требуется - то интерпретатор php можно запускать просто из командной строки c:\....\php.exe script_name.php -- в этом случае исключится большая нагрузка и на браузер (если скрипт генерирует тонну информации о ходе процесса)