создаешь в таблице поле activated - "1" - юзер подтвердил регистрацию, "0" - еще не подтвердил регистрацию
+ еще одно поле code char(32) - длинна поля по желанию
Далее .

Юзер заполняет форму, скрипт проверяет данные, формирует случайны 32-символьный код, и записывает данные в таблицу (значения поля activated = 0, code = 32-символьный случайный код). По этим данным формируем письмо и отсылаем на e-mail юзера. Ссылка примерно такого вида :
http://example.com/activate.php?user_id=$iser_id&code=$code;
При клике юзера по ссылке просто скрипт провыеряет code & $user_id и если все верно - меняем activated :
UPDATE user_tab SET activated = 1, code = '' WHERE user_id = $user_id


С какми этапом проблемы ?

http://phpclub.ru/talk/showthread.php?s=&threadid=53092&rand=15