1. попробуй java-технологии

вот пример на scala с библиотекой POI,
чтобы особо не мучится, брось библиотеку poi в lib-каталог scala или java
ничего компилить не надо, обычный скриптовой язык.

2. либо предложенный вариант с распаковкой zip-архива xlsx и дальнейшей работой в виде xml и xpath
примеры гуглятся.

3. прим., если ты в линуксе, лучше не апгрейдить perl, а инсталлировать новый локально в /usr/local/bin


package me.eax.poi_example

import java.io._
import org.apache.poi.ss.util._
import org.apache.poi.xssf.usermodel._

object ReportTemplateWriter extends App {
// Данные для построения отчета
val months = Array("октябрь 2012", "ноябрь 2012", "декабрь 2012",
"январь 2013", "февраль 2013", "март 2013")
val data = Map(
(1,"RU-CENTER") -> Array(83318, 80521, 83048, 73638, 82014, 93982),
(2,"REGRU") -> Array(35621, 37013, 36515, 41595, 45042, 49101),
(3,"R01") -> Array(44155, 44356, 43199, 39629, 42754, 48528),
(4,"REGTIME") -> Array(19999, 18587, 18630, 18627, 19886, 20496)
)

// Открываем шаблон отчета
val wb = new XSSFWorkbook(
getClass.getResourceAsStream("/template.xlsx")
)
val sheet = wb.getSheetAt(0)

// Заполняем шапку таблицы
val headerRow = sheet.getRow(0)
for(idx <- 1 to months.size) {
headerRow.getCell(idx).setCellValue(months(idx - 1))
}

// Заполняем тело таблицы
for(key @ (rowNumber, rowName) <- data.keys) {
val row = sheet.getRow(rowNumber)
row.getCell(0).setCellValue(rowName)
for(idx <- 1 to data(key).size) {
row.getCell(idx).setCellValue(data(key)(idx - 1))
}
}

// Также нужно заполнить подвал, иначе он не пересчитается
val footerRow = sheet.getRow(data.size + 1)
for(idx <- 1 to months.size) {
val cell = footerRow.getCell(idx)
val range = new CellRangeAddress(1, data.size, idx, idx)
cell.setCellFormula(s"SUM(${range.formatAsString})")
}

// Сохраняем отчет
val resultFile = new FileOutputStream("report.xlsx")
wb.write(resultFile)
resultFile.close
}