Реализуется доступ к БД:
$db=mssql_pconnect(database_hostname, database_login, database_password);
mssql_select_db("xs", $db);
$qry = mssql_query("select count(*) from Customer where Id= ".$CA["CustomerId"], $db);
и вот тут PHP молчит, вплоть до CGI timeout.
Profiler показал, что соединение было открыто, данные прочитаны, переданы и соединение было закрыто. Процесс чего-то ждет.
Как заставить его выдавать результат

Извини, возможно я плохо объяснил, или ты плохо понял. Это был далеко не конец скрипта, кроме того, даже если бы это был и конец, программа бы прекрасно завершилась после завершения запроса, естесственно не выдавая никакого результата.
Дело в том, что PHP скрипт в этом месте зависает и не хочет двиаться дальше, т.е. если написать что-то типа:

print "A";
$qry = mssql_query("select count(*) from Customer where Id= ".$CA["CustomerId"], $db);
print "B";

то "В" скрипт уже не выведет.