Head1
..Title11
....Element111
....Element112
....Element113
..Title12
....Element121
Head2
..Title21
....Element211
....Element212
..Title22
....Element221

$a[$i] - это Headi
$a[$i][$j] - это Titleij
$a[$i][$j][$k] - это Elementijk

unset($s); $s=file( "myfile.txt" );
unset($a); $a=array(); $a[]=array(); $a[][]=array();
$x=- 1 ; $y=- 1 ; $z=- 1 ;
for($i= 0 ; $i<sizeof($s); $i++){
	$s[$i]=explode('..',$s[$i]);
	if(!empty($s[$i][ 0 ])){
		$x++; $y=- 1 ; $z=- 1 ;
		$a[$x]=$s[$i][ 0 ];

	} elseif(!empty($s[$i][ 1 ])){
		$y++; $z=- 1 ;
		$a[$z][$y]=$s[$i][ 1 ];
	} else{
		$z++; $a[$z][$y][$z]=$s[$i][ 2 ];
	};
};