1. Нужно помнить что, код, который ты подключаешь через include выполняется в том же пространстве имен что и все другие include-ы и основной файл. То есть если у тебя в одном из подключаемых файлов есть переменная $a, то она доступна в любом другом файле. Иногда это может привести к тому что, те другие файлы будут работать некорректно.

2. Насчет подключения - вариант с полным путем - наиболее надежный. Только не надо везде писать полный путь. Объяви у себя в скрипте переменную:
$script_dir = '/user/ww.server.com/htdocs/';
и потом подклоючай файлы через include($script_dir."script.php');

3. если в файле нет никаких php-конструкций, чистых HTML, то его надо не через include подклюяать а через