Не знаю, на каком языке тебе требуется сделать скрипт, приведу тебе решение на PHP.

Давай подумаем вместе.
У тебя есть файл, содержащий SQL-запросы, при последовательном исполнении которых у тебя восстанавливается структура и содержимое базы. Так?
Значит, эти запросы надо последовательно считывать и исполнять.
При этом, нужно обработать файл(отпарсить), чтобы выделить запросы для исполнения, и убрать комментарии. Затем, соответственно, пройтись по списку запросов и исполнить их.

Чтобы упростить тебе задачу скажу следующее.
Для управления базой MySQL есть такая удобная штука с веб-интерфейсом, как PhpMyAdmin - скорее всего ты его знаешь и использовал.
Так вот, в нем реализовано то, что тебе надо. А именно, загрузка дампа из файла исполняется в скрипте read_dump.php, который, в частности, использует файл libraries/read_dump.lib.php.
Скачай последний PhpMyAdmin ( на данный момент 2.6 ) и посмотри в эти файлы.
Вскоре, ты увидишь, что для парсинга файла в read_dump.php используется функция PMA_splitSqlFile, находящаяся в read_dump.lib.php
Обрати внимание, что она принимает переменную, содержащую строку с данными твоего файла, и возвращает ее же, только уже в виде массива с запросами.

Думаю, этой информации тебе должно быть достаточно, для того чтобы ты далее самостоятельно додумал немного, и решил проблему.