Замахаешься ты такой формой 1000 файлов тянуть. Да и хостер по голове за 1000 файлов по голове не погладит. Папку не перетянешь, можешь только сэмулировать работу перетягивания папки. Потому как нужно создавать папку на стороне сервера. есть пару бредовых вариантов.
Вариант 1. Перетянуть файлы с помощью функции fopen(), причем, у тебя должен отрабатывать или http на стороне клиента.
Вариант 2(изврат). Пишешь скрипт, в котором генеришь 1000 заполненых <INPUT type="file">, заполняя формы соответсвующими путями к файлам на лоакальном компе клиента. (как это у тебя получится - не знаю - нужно обмануть этот тег, потому как если тип у тега file, то значение тега доступно только для чтения, но в древних манускриптах можно найти. как это дело обойти).

----------------------------------------
Артисты не приехали, приехали цыгане