suexec -- это запуск скриптов разных сайтов от различных пользователей. Что, конечно, позволяет более точно разграничить возможности и ограничить потребляемые ресурсы каждого из сайтов, в отличие от обычной ситуации, когда все скрипты исполняются от одного пользователя. Обратной стороной этого является невозможность использования mod_php, соответственно, во-первых, перестают работать директивы php_value и т.п. в .htaccess и конфигах сайтов (причём перестают совсем, страницы не отображаются, вебсервер не стартует), так что при переходе следует это предусмотреть и позаботиться о перенесении этих настроек в php.ini, вторым негативным последствием является общее снижение производительности и эффективности использования оперативной памяти, и весьма существенное.