/**
 * @ORM\Entity
 * @ORM\MappedSuperclass
 */
class A{
    /**
     * @var integer $id
     *
     * @ORM\Column(name="id", type="integer", nullable=false)
     * @ORM\Id
     * @ORM\GeneratedValue(strategy="IDENTITY")
     */
    private $id;    
    
    /**
     * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Acme\ABundle\Entity\user")
     */
    private $user;
....
}    

// И потомок от него
/**
 * @ORM\Entity
 */
class B extends A {
    
    /**
     * @var B
     * @ORM\ManyToOne(targetEntity="B")
     */
    private $parent = null;
...

private function _gatherRelationsSql($class, $table, $schema)
    {
        foreach ($class->associationMappings as $fieldName => $mapping) {

           // if (isset($mapping['inherited'])) { // - исходная версия

	/**
             * SSW
             * Если наследование в каждую новую Entity то inherited обрабатывать всё таки надо
             */
	if (isset($mapping['inherited']) && !$class->isInheritanceTypeNone() && !$class->isInheritanceTypeTablePerClass() ) {
                continue;
            }            

            $foreignClass = $this->_em->getClassMetadata($mapping['targetEntity']);
...

if (isset($mapping['inherited'])) {