Dr.Hofmann,

200 папок нормально, html нормально (контролируемая статика может использоваться для многих целей, от документации до высоких нагрузок),
а вот отдельный каталог css и js для каждого html-файла ненормально, если все страницы сделаны однотипно.

Любой html содержит ссылки на кучу внешних ресурсов (css и js - вставки, изображения, фреймы, шрифты...).
Браузеры кешируют ресурсы по ссылкам из html-файла, чтобы не перечитывать их каждый раз, поэтому подключать их нужно с одного места (адреса).
Чем меньше ссылок на внешние ресурсы, тем лучше (меньше запросов).

Для конкретных ответов и предложений нужно знать конкретное окружение, которое Вы используете. Что у Вас работает на сервере?

----------------
Несколько ссылок:

Сжатие JS-файла - https://closure-compiler.appspot.com/home

Перекодировщик в UTF8 после компресса - http://native2ascii-online.appspot.com/

Сжатие изображений - http://compressjpeg.com/ru/

Преобразование изображений в base64 - http://anosov.me/services-base64image/ или https://www.base64-image.de/

Подбор внешних шрифтов: https://www.google.com/fonts/

Проверка любой веб-страницы с рекомендациями https://developers.google.com/speed/pagespeed/insights/

Поддержка стандартов разными браузерами http://caniuse.com/

Фёдор Кбухалтер фантоцци...
Чем меньше ссылок на внешние ресурсы, тем лучше (меньше запросов).

Это я вообще не понял ...
С этого и надо было начинать.
Хотя что тут понимать, сами-же и ответили
Фёдор КИ второе - при современных скоростях передачи данных, основные тормоза уже идут на обработку самого запроса, а не передачу контента - т.е. даже на ответ 304 всё равно затрачивается время.
И если сайт тормозной, то хоть все ответы будут 304 - можно будет сходить кофе попить.
Думаю, не стоит торопиться с выводами и предложениями, пока ТС не описал свою ситуацию и окружение более конкретно.

Dr.Hofmann,

То-есть сайт делали не Вы? Вам только нужно пройтись по всем файлам и сжать их (сжать - это удалить лишние пробельные символы что-ли)?.

У Вас слишком частная задача, проще и быстрее самому сделать.
Мало информации. Если на сервере работает PHP, напишите простой скрипт, который будет сжимать файлы,
для этого не нужно изучать PHP, достаточно элементарных знаний (окрыть файл, записать файл, рег.выражения и строковые функции, массивы).

Если чистая статика - скопируйте сайт для локальной обработки, используйте что Вам удобно, потом перезапишите на сервер.

Самый простой способ - вынести совпадающие куски CSS в отдельный внешний файл, а различия уже добавлять внутрь index.html
С JS-файлами тоже так можно, но лучше сжать специальным сервисом, который максимально сожмёт файл (попутно сделая его плохочитаемым).

Petro123Dr.Hofmann- Сжать css и добавить его внутрь html
зачем?
PageSpeed Insights например ругается, он вообще много на что ругается,
некоторые хостинги например, не отдают по-умолчанию заголовки Cache-Control для различных файлов типа изображений и т.д., что может снизить оценку.