Сталкивался с такой бедой, но не уверен, что смогу вам полноценно помочь. Да, всё выглядит так, что ИЕ закрывает окно, несмотря на выполняющуюся отправку данных (которая вообще-то должна быть синхронной, и в нормальных браузерах она именно такая), и данные банально не успевают отправиться.

В моём случае я решал вопрос принудительной синхронной отправкой (т.е. через установку соответствующего флажка в XmlHttpRequest.open()), если это происходит в onunload или просто перед закрытием. Но отправку через form.submit() вы так не сконфигурируете. Ждать секунду -- это, конечно, круто, но кто будет гарантировать, что секунды хватит?

ЗЫ: А "не помогло" у вас потому, что ваш таймаут -- не пауза перед закрытием, а фиг знает что. setTimeout(function() {self.close();}, 1000) я бы еще понял.