Все свалил в кучу.
Похоже, у тебя есть запрос, который сервер слишком долго держит - keep-alive. Обычно это конфигурируется веб-сервером (к примеру, у nginx это параметр keepalive_timeout) и по истечению времени выдается 502-ая ошибка. ИЕ оригинальничает и позволяет держать запрос около минуты (насчет последних версий не уверен, но раньше было так).
Поэтому если это варианты комета, надо делать тюнинг. Если же долгий запрос (к примеру, делаются сложные выборки, расчеты и т.д.), то надо модернизировать систему - делать асинхронное взаимодействие: запрос запускает процесс, а потом спустя время запрос забирает результат.
В любом случае, вопрос или задача не поставлены, проблема не освещена. Будут уточнения, будет более полное решение.