<input type="text" value="some" id="test" >
<script type="text/JavaScript">
/*
... здесь вызывается Dojo-Ajax-запрос. У него должно быть что-то типа события dojoComplete, что запрос завершился.
Когда завершился запрос, потенциально вызывается document.write();

Предлагаю на dojoComplete повесить обработчик onDojoCompleteHandler()
*/
onDojoCompleteHandler(){
// document.write() произошел.
var oInput = document.getElementById('test');
var oParent = oInput.parentNode;
oParent.replaceChild(oInput, oInput) // меняем элемент сам на себя, может прокатит

// если не прокатило, можно попробовать так:
oParent.innerHTML = oParent.innerHTML
}
</script>