Н-да, вопрос, честно говоря, или глуповат или дилетантский ...

javascript - язык скриптов клиентской части, а Java - один из языков, на котором пишется серверная часть. Фактически пересечения нет никакого: замени Java на PHP на сервере - клиент этого даже не увидит (в плане представления странички).

Если выразиться достаточно примитивно, то сервер (как веб-сущность) - это самостоятельный комплекс, веб-страница (как некое дискретное представление информации в отдельно взятом браузере) - также самостоятельная сущность, а связывает их http-протокол.Так вот можно рассматривать совместимость протокола и этих двух понятий попарно, но никак не взаимодействие сервера и страницы, естественно, в плане зависимостей. Главное, чтобы протокол поддерживал эти стандарты.

Поэтому фактически javascript можно заменить на очень ограниченное число скриптовых языков - типа, vbscript или jscript (практически аналог javascript).

Не, если рассматривается веб-проект не с клиентском приложением, а в обычном браузере, то о ГУИ надо забыть - только средствами стандартного HTML - тогда будет и вид нормальный, и функциональность, и кросс-браузерность. А вот какими средствами этого достигать, в плане формирования конечной страницы, - это уже прерогатива разработчика, то бишь тебя ... "ручками" делать, JSTL или еще какие-то библиотеки.