аналогично, не по центру ни в фф3, ни в ие6.

Просмотрела код, думаю скорее всего в разных режимах по разному определяется document.body.clientHeight.

Помимо этого:
- в коде организуется аж два замкнутых цикла вызова функции позиционирования дива (первый в самом начале кода в setTimeout, второй - в body onload)
- из-за того, что позиция дива постоянно расчитывается, он при скролле визуально "дрыгается". Думаю стоит посмотреть в сторону position:fixed (правда, ИЕ не поддерживает это свойство, но хоть в ФФ красиво будет)
- вызов функции позиционирования дива каждые 10мс - это накладно. Может стОит поковыряться в тестовом примере с quirksmode.org и посмотреть, как там обрабатывается скролл? Или протестировать на кроссбраузерность недокументированное событие onscroll (знаю только что в фф2,3 и ие6 работает) и использовать его?