Kos-2010 сот страничек Это что ж сайт такой, что у него инструкция на несколько сотен страниц?

Я бы для начала посмотрел на какой-нибудь wiki-движок. В некоторых CMS еще бывает модуль обучения, в котором (помимо, собственно, статей) даже тесты на усвоение материала можно делать. Возможно, и для kohana что-то существует.

Kos-2010просто интересен вопрос какой вариант правильнее: через БД или через html (будет оформлена инструкция)?Смотря как все это потом собираетесь редактировать и поддерживать.
Если брать wiki-движок, то уже зависит от движка.

Kos-2010А что вы подрозумеваете под "редактированием" и "поддерживанием" - наверно - удаленно.Один человек будет править или несколько? Всегда (до конца жизненного цикла всей системы) Вы или кто-то другой? Если несколько человек, то нужна ли система прав? Каков опыт других людей? Вы же не будет просить другого человека править сырой html, да еще надеяться, что он нигде не накосячит?
Нужен ли дополнительный функционал типа комментариев пользователей (как часто бывает в онлайн-документации) или хранения предыдущих версий статей?
Считайте, что это большой проект в рамках предприятия со всеми вытекающими.

А БД или не БД - дело десятое. Хотя большинство wiki-движков работают именно с БД в качестве бэкенда.