Скрипт не достучится с основного сайта к IFRAME если не установить спец.разрешения. А с IFRAME легко через родителя заходит на основной сайт и имеет доступ к всему DOM. Другими словами любой IFRAME типа рекламы, аналитика может воровать в пользовательские куки. А наоборот вы не можете узнать имя кто посещал вашу страницу, даже если она высвечивается на экране и находится в фрейме ВКонтакте, Фейсбук или другое. Скриптом можно управлять CSS.

у меня также в iframe выбор в модальном нарисованном "окне". Пользователь выбирает область, район, город. данные передаются в значения input для form основной страницы. Сделайте отдельную функцию, чтоб можно было посмотреть в дебагере на текущее значение. А потом как угодно делайте. Из onclick вызывайте функцию. Передайте параметр this. Дальше через JQuery $(e).parents('body').parent().... и куда нужно.. parents('куда назад движемся'), find('куда вперед по дереву')...