я бы разделил проблему (вопрос) на 3 части, а то сейчас путаница какая-то:
1. Вызывает ли утечки памяти создание 1000 элементов массива и потом их удаление посредством delete?
2. Если в массиве записан только первый и 158785-ый элемент, то будет ли выделена какая любо память под элементы между ними?
3. В какой момент можно быть уверенным, что используемый объект удалён?

ответы:
1. Нет не вызывает, потому как delete говорит интерпретатору, что о существовании указанной переменной следует забыть. Следующая попытка обращения к ней вернёт undefined, что говорит об "незнании" интерпретатора о ней.

2. Не будет. В javascript все массивы ассоциативны. То есть реализация массива такова, что он не обязан быть непрерывным (как например в паскале). Это вызывает небольшие накладные расходы на запоминание прошлого/следующего элемента и т.д., но не более.

3. Наверное зависит от сборщика мусора. Однако, если бы я такой писал, то удалял бы я объекты в момент удаления последней ссылки на него. После этого хранить его в памяти не имеет ни малейшего смысла, так как к нему обращения невозможны. Однако, учитывая что удаление ссылки на один объект может сделать недоступным сразу 2 десятка сущностей, сборщик вероятно не спешит чистить память при каждом вызове delete, а просто по таймеру проверяет выделенные ему участки памяти и освобождает те, на которые в скрипте больше нету ссылок.
Не думаю что сборщик мусора проводит зачистку раз в 20 минут )) скорее он делает это по несколько раз в секунду.


Потому, тестовый скрипт давал утечку памяти, вероятнее всего, по иной причине (или же написан был не так).

P.S. Если вышеописанное при выполнении вызывает утечку, то, при соблюдении всех изложенных правил, можно смело утверждать, что интерпретатор написан с ошибкой и потому допускает утечки памяти. )) В таком случае это проблема не скрипта, а разработчиков среды.