Нет, смысла менять платформенность скрипта не вижу - javascript хватит.
Если проект не очень сложный, то надо пользоваться унифицированными приемами, свойствами, функциями и т.д.
Это, конечно, достаточно распространено, но все же поясню: к примеру, не надо обращаться к элементам по имени - только по ид (фокс не понимает обращения по имени), не пользоваться свойствами и эвентами, которые не понимаются/двояко понимаются на разных платформах (ех., эвент onbeforeunload понимается ИЕ, но не воспринимается мозиллой; свойство cursor для ИЕ устанавливается как "hand", а мозиллой не понимается, тогда как "pointer" - наоборот). Таких примеров можно привести множество и их надо учитывать. Когда опыт есть, то это делается достаточно автоматически.
Гораздо сложнее с отступами, таблицами, расположением - тут каждая платформа понимает это по-своему, но все равно решения есть и они применяются.

Если же проект большой и громоздкий, то без разделения "сфер влияния" обойтись сложно - изначально определяется тип платформы и контент устанавливается/подгружается соответственно под него (примерно как ты указал). Кстати, так достигается кроссбраузерность во внешних библиотеках, иногда методы не просто отличаются, а чуть ли не имеют ничего общего, но результат достигается.