Оно само вылезет, если кликнуть (нажать или сэмулировать нажатие) на ссылке, которая указывает на файл. Правда, в ИЕ при первом нажатии не обойтись без желтой полоски безопасности. Хотя кто знает ... может, что еще предложат.

Можно в принципе. Категорически нет через javascript. А можно через флеш - у них там есть такие интересные "заманухи", что можно контролировать не только аплоад, но и даунлоад. В принцип работы не вклинивался, но из представлений о флеше могу сделать вывод, что флеш на клиентском компе выделяют себе место под кеш - типа, флешевской песочницы, с которой работает как с файловой системой, но без доступа к фнешнему контенту. Соответственно, можно проконтролировать бинарный поток (файл).
Ну, а сделать взаимодействие флеш-javascript - это ерунда ...
Может, не так удобно, профессионально и не уверен по поводу кроссбраузерности, но сделать так можно. Я так файлы получаю с удаленного компа одной компании, причем, хочу заметить, - не фтп.
А, да, кстати, приятный бонус - при получении файла система безопасности ИЕ (другие не пробовал) молчит как мертвая ...