Тоже озадачился этой проблемой.

Кроме подгрузки функций "по требованию" с добавлением барьеров при отдаче в виде проверки кукизов. Пришло на ум ещё:
1 прогонать сам скрипт через фильтр, который бы заменил все названия переменных и функций вроде main_menu_t и comment_menu_o в х3243, х2345, х47326 и т.д.;
2 текст функций выдавать в кодах символов, а потом перед appendChild делать StringFromCharCode (или как она правильно называется), здесь правда всё решается просто злоумышленником при желании.
3 собирание текста функций из элемента статического текста, то есть передаются положения символов в некотором документе и по этим индексам выдергиваются символы и собирается тест.

Интересно какие есть ещё способы. Вопрос не в том, что бы спрятать полностью код, а в том, что бы максимально усложнить понимание кода, что бы сложилась именно та ситуация, когда легче написать заново, чем украсть у соседа и модифицировать под свои нужды.

Я имел ввиду другое. Например: unixadmina.net/bug.htlm. Все три функции можно выдернуть, точнее тексты этих функций, самой же программы нет, она рассыпалась на неочевидно связанные блоки. Требуются некоторые усилия, что бы восстановить общую логику, а если таких функций 50 + абсолютно нечитаемый код? В bug.html я не делал преобразование кода в нечитаемый, например разрыв замыкания и контекста замыкания принесет проблемы в понимании общего смысла + все переменные и функции с названиями х3464б47357, х3464547357, х3464б46357 + один раз оступился/расслабился -- получил фальшивую функцию типа alert("FU!") в bug'е и т.д. Восстановление общей логики функционирования скрипта займет много времени, по сути придется собирать программу заново из простейших строк, которые без труда напишет любой школьник. В чем собственно идея и состоит, а не в шифровании кода, зашифровка кода -- это ещё одна небольшая проблема, которая в совокупности с другими такими же небольшими проблемами превращает решение задачи по восстановлению исходного кода скрипта в бессмыслицу: проще написать свой с нуля, чем копаться в этих дебрях.