Храни гденить параметры этих квадратов. В коллекции какойнить, и обращайся по индексам.
Для тягания юзай прозрачный контрол.
Перерисовывай тока область что изменяется

и все у тебя получится,

Контролами не выйдет потому как они прозрачность друг на друге не потдерживают. Это ессно если квадраты у тебя прозрачные а вот если зарисованные то тогда контролы на ура(не знаю правда ли это про 1000 контролов в одном треде ;))

Наилучшие!