Что именно пытаетесь сделать? Возможно (учитывая упоминание XmlNode, XmlDocument и пр.) что-то делается не так.
100000 строк - не то что бы совсем много. Достаточно сложные XSLT-преобразования у меня проходили и с объемами раз в 5 больше (а XSLT - значит, процесс держит в памяти разобранное DOM-дерево).

Факт.
Те перегрузки XslCompiledTransform.Transform, которые первым параметром принимают Stream или XmlReader, на их основе создают XPathDocument ( вот здесь ), а он всё равно держит в памяти разобранную модель - только не DOM, а XPath.
А те перегрузки, которые первым аргументом принимают IXPathNavigable, в реальности принимают на вход либо всё тот же XPathDocument, либо XmlDocument - других классов, описывающих XML-документ, и реализующих IXPathNavigable, я не припомню.
А так-то там, на w3.org, есть много чего, что в дотнете "искаробки" отсутствует напрочь - например, XSLT 2.0 и XSD 1.1. И я как-то уже сомневаюсь, что это всё счастье однажды у нас появится.

Тем не менее, другого инструмента для декларативно описанных преобразований, работающего со сравнимой скоростью нет. Ну, и свои задачи он выполняет вполне нормально.

Ну, он же и ORM недолюбливает :)
https://martinfowler.com/bliki/OrmHate.html

На ixbt, помнится, была дискуссия про XML vs JSON, YAML итп.
Основная проблема всех альтернатив - то, что они просто тупо недоработаны: нет до конца стандартизованных средств валидации, трансформации/преобразования, итд. Соответственно, если для бизнеса сбои и ошибки при обмене данных с другими бизнесами/системами сопряжены с финансовыми рсиками, то он предпочтёт то, что вполне себе и давно уже стандартизовано в куче областей, и поддерживается самыми разными платформами. А если проект сам по себе, и ни с кем не общается, либо не завязан на фин. риски, то тут уже пофиг, и используется то, что разработчику милее - хоть YAML, хоть Lua, хоть ini-файлы.