На панели несколько groupBox. Выставляю у них Dock. Как управлять очередностью расположения например dock=top? Не помогает ничего. И откуда студия берет эту очередность?

Кажись нашел.
В Form.Designer.cs в родительском контейнере (например, на самой Form) надо поменять местами строки
this.splitContainer1.Panel2.Controls.Add(this.groupBox5);
this.splitContainer1.Panel2.Controls.Add(this.groupBox3);
this.splitContainer1.Panel2.Controls.Add(this.groupBox4);
Порядок выстраивания в Dock - Top будет обратный представленному в этих строках. Т.е. наверху будет groupBox4, потом groupBox3, потом groupBox5.

Неск лет эта проблема систематически возникала у меня. Обходился как-то... А вот стоило обратиться за помощью к умным людям - так сразу всё и решилось :):):)