..и одинаковыми неймспейсами внутри.

Как?

Задаём одной сборке синоним и подключаем через extern alias — проблема с неймспейсами решена, а вот как быть с copy local? Переименование сборки, естественно, валит приложение.

Где-то в степи,
Сон Веры Павловны,

благодарю за наводку, помогло!

Суть в том, стали использовать новую версию библиотеки и написали под неё много кода. Затем выяснилось, что в одной из подсистем эксплуатировалась фича баг, успешно исправленный в новой версии. Теперь ни туда ни сюда, подсистему надо исправлять, а результат итерации надо уже показывать. Поэтому подключили на время две версии библиотеки, для зависимой от старой версии подсистемы прокинули неймспейс через алиас. Всё работает