Studentsалгоритм есть здесь
http://en.wikipedia.org/wiki/Longest_common_subsequence_problem
Кто-нибудь знает, как он по-русски называется?
В левой колонке есть ссылка на русский вариант - "Наибольшая общая подпоследовательность".

Studentsработает быстрее, чем перебор байт-за-байтом.
Строго говоря здесь тоже идет перебор байта за байтом :) Быстрее он будет работать потому что делает меньше вычислений. Однако, чтобы сравнивать два файла нам нужно иметь их рядом. Ты же говоришь о задаче сравнения двух файлов находящихся на разных компьютерах в которолй нужно съэкономить сетевой трафик и минимизировать общее время на задачу (поиск разных кусков + передача по сети). При такой постановке алгоритм rsync будет эффективнее на мой взгляд.

Students, перебор байз за байтом это не проблема. Тебе в любом случае придется это делать так или иначе. Если бы файловая система сохраняла список изменений сделанных в файле, то тогда перебор содержимого файла для поиска изменений был бы не нужен. Файловые системы FAT/NTFS этого не делают. Значит остается только перебор всего содержимого. Если для тебя это проблема, то заливай всегда файл целиком. Все просто и никаких "проблем".

Вообще складывается впечатление что ты не понимаешь на оптимизицию чего направлены алгоритмы типа rsync. Мы стремимся уменьшить сетевой трафик и _общее_ время на передачу файла. Даже если я потрачу 5 минут на поиск отличий в файле, но съэкономлю 30 минут на передачу - это все равно выигрыш. При желании можно сделать службу которая будет следить за изменениями в файлах, пересчитывать хеши в фоновом режиме и сохранять их. При таком подходе многие хеши уже будут готовы на момент начала синхронизации.