1. Открывать не в компоненте Browser, а в нормальном браузере по-умолчанию у юзера. Не знаю, как другие, но та же Опера умеет открывать на нужном якоре на странице. Думаю, и другие браузеры это умеют - функциональность-то базовая.

2. Разбить разделы на подразделы по файлам и открывать уже нужный подраздел как отдельный раздел.

3. Использовать нормальную справку, а не городить свои велосипеды. По нормальным справкам:

- CHM (но там тоже всё не так просто с якорями - http://bytes.com/topic/c-sharp/answers/276612-using-helpprovider-go-specific-anchor-tag-page )
- http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms728460(v=vs.85).aspx

По последней ссылке, кстати, я сам так и не понял, что круче - HTML Help 1.4 SDK или Assistance Platform 1.0 Client SDK. Вот в Виндовс 7 жму F1 и открывается "Справка и поддержка" - на чём оно создано непонятно. Опций "О программе" в ней нет. Но явно не на CHM.