FK должно быть создано Table=>Table2

нет, EF построит сам взаимосвязи между таблицами и создаст их наименование в контексте , если между ними есть связь по ключевому полю в FK

т.е.

есть у нас условно 2 таблички
Table1(id int PK, name varchar(10))
Table2(id2 int PK, table1Id int FK, desc varchar(10))

Table2 связана с Table1 по FK. мы можем делать такую выборку

select T1.id, T2.desc from Table1 T1 INNER JOIN Table2 T2 ON T1.id = T2.table1Id
where T2.desc LIKE 'foo%'

using System.Linq;
var t = db.Table1.Include("Table2").Where(x => x.Table2.desc.StartsWith("foo")).ToList();

открывайте edmx и смотрите что там у вас