YUBA1. Создаем проет Windows Form. Получается, что остальные классы порождаются формой. Полагаю, что это не есть оч. хорошо.
Если под "порождением классов" ты имеешь в виду создание их экземпляров, то улучшить ситуацию можно путем использоания паттеррнов MVC, MVP, MVVM и т.п.

YUBAНо если сделать класс с функцией Main(), и оттуда запускать форму возникают проблемы (сложности) с обменом данными формы с другими классами, исполняемыми вне контекста формы.
У тебя в проекте и так уже есть функция Main запускающая форму так что вопрос непонятен.

YUBA2. Нужно где-то определить-объявить типы данных проекта и глобальные переменные, используемые во всем проекте. Не в форме же это делать. В VB.NET делал модуль и там размещал все объявления типов и глобальных переменных. Header файлов нет, и в using их вроде не пришьешь.
Модуль VB.NET эквивалентен static классу в C#. В нем можно разместить глобальные данные, но классы лучше объявлять в отдельных файлах.

YUBAСкорее про иерархию. Как ее строить?
ИМХО, не рацо когда основная программа исполняется в потоке формы, а организация и управление др. потокоми тоже осуществляется из потока формы.
В общем, надо с самого начала грамотно выстроить иерархию.
Какая связь между потоками и иерархией наследования?

YUBAДа и непонятно как передавать события в программе в форму, если она (форма) прицеплена где-то сбоку.
Объявляешь класс с событием и кодом генерирующим это событие. В форме создаешь экземпляр этого класса (или передаешь его конструктору форму), подписываешься на нужное событие. Обрабатываешь его.

YUBAДа, а static class разве отменяет префиксы к типам данных при использовании в др. классах?
Какие еще префиксы? Имя класса что-ли? Нет, не отменяет - таковы правила языка.

YUBAПришел к выводу, что надо делать базовый класс проекта, и остальные базовые классы наследовать от него. Тогда глобальные типы, функции и константы будут непосредственно доступны без префиксов. Практически, вместо header файла.
Делать базовый класс нужно когда есть общая функциональность, а не общий набор всего подряд. Типы и так доступны всем классам в проекте. Функции выносим в базовый класс, если предполагается наличие типов с общей функциональностью, или создаем static класс, или используем extension методы. С константами по аналогии.

YUBAбудут непосредственно доступны без префиксов. Практически, вместо header файла.
Дались тебе эти "префиксы". Кроме того ты напрасно пытаешься переносить идеологию C++ в C#. Это совершенно разные языки.

YUBA//Кстати, можно-ли некий класс использовать в using <Class>? Незя. "Класс не является пространством имен..."
using нужен чтобы не набирать полные имена классов, а не для того чтобы избавиться от "префиксов".

YUBA1.Форме(ам) передать интерфейс базового класса. Это сработает? В плане доступа.
Что значит передать интерфейс базового класса? Зачем вообще это делать когда наследник и так имеет доступ ко всей protected/public функциональности базового класса?

YUBA2.Пока не понимаю, куда деть глобальные переменные? В С++ я как-то это делал, что было давно, и неправда. :)
Тебе уже ответили - используй static класс.

YUBAНу да, какой нибудь отдельный класс заведу для этих целей. Финт со static классом с этой целью не прокатил. Среда ругается, не понял на что.
Приведи код и ошибку.

P.S. Твоя главная проблема - плохое знание языка. Отсюда все трудности. Читай Рихтера CLR via C#.