SerRock,

Обычно новички делают так, что бы локальная таблица копировалась в рабочий каталог. Изменяют в ней данные, изменяют. А при следующем запуске - бац! Она опять скопировалась в предыдущем виде!
Например,
C#: База данных sdf, как сохранить вносимые изменения?

SerRock,

Copy to output directory - Да.

В app.config найдите строку подключения

Например,

<connectionStrings>
<add name="Base.Properties.Settings.BaseConnectionString" connectionString=
"Data Source=|DataDirectory|Base.sdf" providerName="Microsoft.SqlServerCe.Client.3.5"/>
</connectionStrings>

Перепишите так, с абсолютным путем к базе

<connectionStrings>
<add name="Base.Properties.Settings.BaseConnectionString" connectionString=
"Data Source=D:/MyApplication/Base.sdf" providerName="Microsoft.SqlServerCe.Client.3.5"/>
</connectionStrings>

Когда будете создавать setup вернитесь к пути с |DataDirectory|
==============
Можно еще сделать две строки подключения и использовать условную компиляцию.

Например

<connectionStrings>
<add name="Base.Properties.Settings.BaseConnectionString" connectionString=
"Data Source=|DataDirectory|Base.sdf" providerName="Microsoft.SqlServerCe.Client.3.5"/>
<add name="Base.Properties.Settings.BaseConnectionStringDebug" connectionString=
"Data Source=D:/MyApplication/Base.sdf" providerName="Microsoft.SqlServerCe.Client.3.5"/>
</connectionStrings>

В программе использовать что-то вроде

#if DEBUG
MyConnection.ConnectioString = Properties.Settings.Default.BaseConnectionStringDebug.ConnectionString;
#else
MyConnection.ConnectioString = Properties.Settings.Default.BaseConnectionString.ConnectionString;
#endif

============
Еще есть варианты, но Вы главное поймите, что у Вас на ПК при использовании Copy to output directory - Да всегда будет три базы. Исходная и еще по одной в каталогах Debug и Release.

К какой обращаться настраивается в app.config или ручками в тексте программы