авторВидимо потому что последняя входит в состав MS Framework.
Неверно. У референса есть свойство Copy Local. У фреймворковских сборок по умолчанию оно выставлено в false (они лежат в GAC, CLR сначала всегда ищет в GAC). А у пользовательских в true.

авторПочему дллина скопировалась в каталог bin\debug моего пректа который использует dll?

А как CLR найдет эту сборку при выполнении кода? Сам по себе reference не содержит информации о местоположении сборки. А поиск сборки выполняется по след. алгоритму:
1) сборка ищется в GAC
2) сборка ищется в том же каталоге, что и вызывающая ее сборка
3) некие другие папки.
По поводу п.3 ищите в мсдн. Но для начала хватит п.1 и п.2.