Winnipuh, .NET грузит сборки по мере необходимости. Если ты точно знаешь что все эти сборки нужны постоянно, то тогда их объединение может иметь смысл. Иначе твое приложение будет лишь зря тратить ресурсы компьютера. Касательно обфускации - тебе лучше виднее нужна она или нет.