Читаю доку по Ngen и возникают вопросы:
авторНедостатки:
Рассинхронизация NGen-файлов. При появлении новой версии сборки необходимо обновлять и образ в локальном кеше.
Что за локальный кеш и как обновить образ?
авторНедостатки:
Ограничения на использование метода Assembly.LoadFrom
Какие ограничения?

Dima T https://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/6t9t5wcf.aspx

У Рихтера подробно расписано. С плюсами и минусами. Если кратко: кэш откомпилированных сборок где-то внутри виндовса.
Не дешевые книжечки