// 1) Создаем новый файл - удаляем унанаследованую группу. Алгоритм выполняется группа НЕ УДАЛЯЕТСЯ
var fileXml = @"\\Share\test_ad.xml";                
(new XDocument(new XElement("root"))).Save(fileXml);

var security = File.GetAccessControl(fileXml);
var rules = security.GetAccessRules(true, true, typeof(SecurityIdentifier));
var rule = rules.Cast<FileSystemAccessRule>().FirstOrDefault(s => s.IdentityReference.Value == @"S-1-5-21-xxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxx");
security.SetAccessRuleProtection(true, true);
if (rule != null)
{
      security.RemoveAccessRule(rule);
      File.SetAccessControl(fileXml, security);
}

// 2) Файл существует - удаляем группу. Алгоритм выполняется группа УДАЛЯЕТСЯ 
var fileXml = @"\\Share\test_ad.xml";
var fSecurity = File.GetAccessControl(fileXml);
var rules = fSecurity.GetAccessRules(true, true, typeof(SecurityIdentifier));
var rule = rules.Cast<FileSystemAccessRule>().FirstOrDefault(s => s.IdentityReference.Value == @"S-1-5-21-xxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxx");
// Запретить наследование
fSecurity.SetAccessRuleProtection(true, true);
if (rule != null)
{
      fSecurity.RemoveAccessRule(rule);
      File.SetAccessControl(fileXml, fSecurity);
} 

// 3) Файл существует - добавляем группу
var fileXml = @"\\Share\test_ad.xml";
var fSecurity = File.GetAccessControl(fileXml);
var rul = new FileSystemAccessRule(
@"S-1-5-21-xxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxx",
FileSystemRights.ReadData | FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.AppendData | FileSystemRights.ReadExtendedAttributes | FileSystemRights.WriteExtendedAttributes | FileSystemRights.ExecuteFile | FileSystemRights.ReadAttributes | FileSystemRights.WriteAttributes | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ReadPermissions | FileSystemRights.Synchronize,
InheritanceFlags.None,
PropagationFlags.None,
AccessControlType.Allow);
fSecurity.AddAccessRule(rul); // Ошибка при добавлении группы
File.SetAccessControl(fileXml, fSecurity);

var fileXml = @"\\Share\test_ad.xml";                
(new XDocument(new XElement("root"))).Save(fileXml);

var security = File.GetAccessControl(fileXml);
var rules = security.GetAccessRules(true, true, typeof(SecurityIdentifier));
var rule = rules.Cast<FileSystemAccessRule>().FirstOrDefault(s => s.IdentityReference.Value == @"S-1-5-21-xxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxxxxxx-xxxxxx");
security.SetAccessRuleProtection(true, true);
if (rule != null)
{
      security.RemoveAccessRule(rule);
      File.SetAccessControl(fileXml, security);
}