var signatures = doc.GetElementsByTagName("Signature", SignedXml.XmlDsigNamespaceUrl);
XmlNode sig1Node = doc.GetElementsByTagName("Signature", SignedXml.XmlDsigNamespaceUrl)[0];
// удаляем существующие
foreach (XmlNode sig in signatures)
{
     sngtrStNode.RemoveChild(sig);
}

     sngtrStNode.RemoveChild(sig);

          // удаляем существующие подписи
            var sngtrStNode = doc.GetElementsByTagName("SngtrSt")[0];
            var signatures = new List<XmlNode>();
            foreach (XmlNode sig in doc.GetElementsByTagName("Signature", SignedXml.XmlDsigNamespaceUrl))
            {
                signatures.Add(sig);
            }
            foreach (XmlNode sig in signatures)
            {
                sngtrStNode.RemoveChild(sig);
            }