<s:Envelope>
<s:Header>
...
</s:Header>
<s:Body>
<Method1 xmlns="http://my.site">                  << в этом проблема. Этого уровня НЕ должно быть вообще
  <Param1 xmlns:i="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">          << это верно

	
    [ServiceContract(Namespace = "http://my.site")]
    public interface IMyService
    {
        [OperationContract]
        Method1Response Method1(Method1Request param1);  << Проблема в этом Method1. Нужно его как-то убрать  (лишний уровень вложенности получается !)
    }    

<Param1> <Value1> <Value2></Param1>