как бороться с такой ситуацией?

WCFМного причин может быть. Например отличается от ожидаемого формат сообщения.
Давай код.

те, которые возбуждаются эксцепциями я ловлю, а тут в трейсах на ровном месте вот такое появляется... Не пойму причину.

Код большой, увы...

WCFWinnipuh,

Custom Formatter не используешь?

форматтер нет, использую net.tcp в одну сторону и callbacks по нему же с сервиса на клиентов.

Смутное подозрение что где-то остался таймаут по умолчанию 1 минута, как они люябт это делать.
Именно колбековый какой-то... Я в сервисном конфиге исправил (сервис хостится под консольным приложением) и на клиенте (шарп) тоже увеличил.