iluxa1810,

Не очень понял, сути проблемы.
Если вы вызываете у WCF хоста (который ServiceHost) метод Close() , то у вас происходит следующее:
- запрещаются новые подключения
- ожидается завершается всех запущенных ранее запросов, а также тех, которые стоят в очереди на выполнение (завершится они могут как потому, что отработают, так и потому, что истек таймаут.

Метод Close(), как понятно - это блокирующий метод.

Вы можете управлять этим процессом, а именно:
- Указать таймаут на ожидание
- Использовать асинхронную версию BeginClose()

Собственно, для Windows Service наилучшая стратегия - использовать BeginClose(), и пока не закончится закрытие, периодически продлевать время остановки самого сервиса, вызывая RequestAdditionalTime()